Ο ΠΟΕ έχει χαρακτηριστεί από πολλούς αναλυτές ως ένας θεσμός με έλλειψη διαφάνειας στη λειτουργία του.
Οι κανονισμοί που διέπουν την λειτουργία του είναι σαν να προέρχονται από non-paper των πολυεθνικών, οι οποίες συμμετέχουν ακόμα και στις διαπραγματεύσεις. Για παράδειγμα, ο Αμερικανός εκπρόσωπος στον Οργανισμό, παίρνει απευθείας γραμμή από 17 «Συμβουλευτικές Επιτροπές του βιομηχανικού κλάδου». Από την άλλη μεριά, αγνοούνται εντελώς τα κριτήρια των καταναλωτών, τα ανθρώπινα δικαιώματα, οι περιβαλλοντικές προβλέψεις και τα; Δικαιώματα των εργαζομένων. Είναι επίσης εντυπωσιακό ότι στελέχη του Οργανισμού, αρνούνται να δίνουν ακόμα και πληροφορίες για τη λειτουργία και τις διαδικασίες του.
